A Capitania Fluvial de Goiás (CFGO), localizada no Setor Sul em Goiânia, é a sede administrativa e operacional da Marinha do Brasil no estado, subordinada ao Comando do 7º Distrito Naval. A unidade foi ativada em fevereiro de 2021 e é responsável pela segurança das hidrovias formadas por rios e lagos em Goiás.

Em 2025, a CFGO realizou 16.448 atendimentos, ficando atrás apenas da Capitania Fluvial do Tietê-Paraná, que abrange São Paulo. A atuação da Marinha em Goiás é baseada no artigo 20 da Constituição Federal, que atribui à União a responsabilidade sobre patrimônios públicos naturais.

A Capitania funciona como um 'Detran das Águas', oferecendo serviços como emissão de primeira e segunda via de carteira de habilitação para condutores de veículos aquáticos, transferência de titularidade, inspeção naval, capacitação marítima e fluvial, além da fiscalização dos cursos hídricos. São atendidos 200 municípios, enquanto os outros 46 da região nordeste do estado são atendidos pela Capitania Fluvial de Brasília.

Na sede da CFGO, as provas teóricas para habilitação são aplicadas às terças e quintas-feiras. Existem duas habilitações vigentes: a Carteira de Habilitação de Amador, válida por 10 anos para lazer e esporte, e a Caderneta de Inscrição e Registro (CIR), válida por 5 anos para profissionais de transporte de pessoas e cargas. As embarcações precisam de registro próprio, o Título de Inscrição de Embarcação (TIE), renovado a cada cinco anos, com seguro anual obrigatório.

A Marinha realiza também a Capitania Itinerante, atendendo municípios com alta demanda, especialmente no Vale do Araguaia. Durante uma semana, a equipe pode deslocar-se até cidades como Luis Alves para ministrar cursos, aplicar provas, renovar carteiras e realizar transferências de titularidade, evitando deslocamentos dos cidadãos até Goiânia.

Além da população ribeirinha e guias de turismo, a capacitação é oferecida a profissionais de segurança pública, incluindo Corpo de Bombeiros, Polícia Militar, Polícia Civil, Polícia Federal, Polícia Rodoviária Federal e Forças Especiais do Exército. Para esses militares, é oferecido o Curso Especial para Tripulação de Embarcações de Estado no Serviço Público (ETSP).