João Paulo chegou ao Esporte Clube Bahia na segunda janela de transferências de 2025 para reforçar a posição de goleiro, que enfrentava uma crise no clube na época.

Apesar da chegada, o jogador não estreou imediatamente, pois Ronaldo se firmou como titular da equipe.

Durante um treino, João Paulo sofreu uma lesão que o afastou das atividades por um período.

O goleiro só fez sua estreia pelo Bahia em 2026, no Campeonato Baiano, disputando um total de seis partidas na temporada.

O contrato de João Paulo com o Bahia é válido até junho deste ano e possui uma cláusula de opção de compra.

O Bahia ainda não decidiu sobre a permanência do goleiro e deve tomar uma decisão até o fim do primeiro semestre.